Komercyjne wdrożenie systemów mocznik-SCR zależało od opracowania nie tylko katalizatora, ale także systemu dozowania i wtrysku mocznika. Wzrost wydajności konwersji NOx w układach SCR obserwowany od czasu wprowadzenia technologii SCR w silnikach wysokoprężnych około 2005 r. jest w dużej mierze zasługą postępu w kontroli SCR i wtrysku mocznika. Główne funkcje systemu dozowania i wtrysku mocznika to:

  • Dozowanie dokładnej ilości mocznika niezbędnej do reakcji SCR z NOx, oraz
  • Dokładne wymieszanie mocznika i amoniaku ze spalinami.

Ilość wtryskiwanego mocznika musi odpowiadać zapotrzebowaniu amoniaku odpowiadającemu ilości NOx wchodzącego do katalizatora oraz wydajności konwersji NOx w danych warunkach roboczych (temperatura katalizatora i prędkość przestrzenna). Jeśli ilość amoniaku jest niewystarczająca, część NOx, którą w innym przypadku można by zmniejszyć, pozostanie nieprzekształcona, co spowoduje karę za konwersję NOx. Jeżeli ilość wstrzykiwanego amoniaku jest większa niż może być zużyta w reakcjach SCR, spowoduje to niedopuszczalnie wysoki poślizg amoniaku. W układach zawierających katalizator amoniaku część amoniaku może zostać z powrotem utleniona do NO, zmniejszając w ten sposób efektywną konwersję NOx.